合生元的作用主要是能够起到提高免疫力，并能调节肠道菌群的效果，比较适用于肠胃能比较差，以及经常性感冒、微量元素异常、身体免疫力低下的孩子，从而达到改善身体的作用，有利于预防胃肠道和呼吸道感染，达到双向调节。考虑到合生元属于保健品，不能够完全性的代替药品，最好是在服用之前做一个微量元素的检查。
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